PREDMETI

Analiza in predikcija 3D struktur proteinov

5

ECTS Kreditne točke

Predavatelji
  • prof. dr. Andrej Šali
Smeri
  • NANO3

Cilji

Študenti spoznajo osnove bioinformatike, proteinskih struktur in se seznanijo z metodami za njihovo analizo in predikcijo. Splošne kompetence: - obvladanje raziskovalnih metod, postopkov in procesov, razvoj kritične in samokritične presoje pri generiranju hipotetičnih 3-D modelov proteinov, - sposobnost uporabe znanja v praksi, - razvoj komunikacijskih sposobnosti in spretnosti, posebej komunikacije v mednarodnem okolju, - kooperativnost, delo v skupini (in v mednarodnem okolju). Predmetnospecifične kompetence: Predmet pripravlja študente za delo s 3-dimenzionalnimi strukturami in njihovimi modeli v akademskih in industrijskih sredinah.

Predmetnik

Pri predmetu bomo proteinske strukture raziskovali z dveh zornih kotov: zakonov fizike in teorije evolucije. Z vidika fizike je nativna struktura proteina rezultat sil, ki delujejo na atome proteina in topila med procesom njegovega zvijanja, z biološke perspektive pa je nativna struktura proteina rezultat evolucije. Obe osnovni načeli sta tudi temelj metod, ki napovedujejo strukturo proteinov. Prvi način, de novo ali ab initio metode, poskuša napovedati strukturo proteinov le iz njihove sekvence, ne nanašajoč se na podobnost na nivoju zvitja med modelirano sekvenco proteina in znanimi strukturami. Drugi razred metod, ki vključuje primerjalno modeliranje, pa sloni na podobnosti večjega dela sekvence modeliranega proteina z vsaj eno že znano strukturo. Raziskovali bomo naravo sil, ki kontrolirajo nastanek določene proteinske strukture, nekatere vidike procesa zvijanja proteinov, primerjali proteinske sekvence, strukture proteinov, na vse načine modelirali proteine ter raziskovali strukturno genomiko in možnosti napovedi funkcije proteinov na osnovi predikcije njihove strukture.

Obveznosti

Osnovno znanje biologije, kemije in fizike s poudarkom na biokemiji in molekularni biologiji na dodiplomskem nivoju.

Preverjanje znanja

Literatura in reference

Več
Skrij