PREDMETI

Cilji

Študent bo dobil vpogled v probleme biomolekularnih simulacij: kvantno mehanske metode, metode na osnovi molekulske mehanike, ki omogočajo termično povprečenje, modeliranje kemijskih reakcij v raztopinah, encimatske reakcije in načrtovanje inhibitorjev. Sestavni del predmeta je praktično delo z računalnikom. Splošne kompetence: - obvladanje raziskovalnih metod, postopkov inprocesov, razvoj kritične in samokritične presoje, - sposobnost uporabe znanja v praksi, - razvoj komunikacijskih sposobnosti in spretnosti, posebej komunikacije v mednarodnem okolju, - kooperativnost, delo v skupini (in v mednarodnem okolju) Predmetnospecifične kompetence: - Predmet pripravlja študente za uporabo znanja s področja biomolekularnih simulacij.

Predmetnik

- Časovno odvisna in časovno neodvisna Schrödingerjeva enačba - Polje sile - Kemijske reakcije v plinski fazi - Molekulska dinamika in Monte Carlo simulacija - Refinement: Vključitev eksperimentalnih podatkov - Kako izračunati razlike v prostih energijah - Kemijska reakcija v encimski okolici - Simulacija nuklearnega tuneliranja - Design inhibitorjev na osnovi strukture prehodnega stanja - Modelna študija i) Simulacija kemijskega koraka monoaminske oksidaze - Modelna študija ii) Simulacija prenosa protona z integracijo po poti v encimskem centru - Modelna študija iii) Simulacija reakcije v vodni raztopini