PREDMETI

Metabolomika v živilih

5

Kreditne točke

Predavatelji
  • prof. dr. Urška Vrhovšek
Programi
  • EKO3

Cilji

Cilj tega predmeta je dati študentom znanje, kako izvesti metabolomsko študijo, od začetka do konca. Predmet vsebuje vse od načrta eksperimentalnega poskusa, priprave vzorcev, uporabo masne spektrometrije za globalno profiliranje (netarčna metabolomika) in ciljno usmerjene metodologije (tarčna metabolomika) in tudi znanja o analizi podatkov.

Vsebina

Metabolom živil je celota spojin z nizko molekulsko maso v posameznem živilu in je lahko zelo kompleksen, saj pogosto obsega več tisoč kemijskih spojin. Živilska metabolomika se danes lahko šteje kot dragoceno orodje za ocenjevanje kakovosti, varnosti in porekla hrane, ter učinkov na zdravje, povezanih s hrano. Študenti se bo srečal z različnimi metabolomskimi pristopi v analizi različnih kemijskih skupin metabolitov hrane. Dobili bodo dobili znanje, kako pravilno načrtovati poskus za študije metabolomike. Seznanili se bodo z različnimi tehikamni priprave vzorcev in kontrolo kakovosti primernih v metabolomskih studijah. V okviru predmeta se bodo seznanili z različnimi analitskih tehnikami, ki se uporabljajo tako v tarčni in kot netarčni metabolomiki: tekočinsko kromatografijo, plinsko kromatografijo v povezavi s masno spektrometrijo in tudi nekaj osnovnih informacij o principu NMR metabolomike. Študenti bodo spoznali osnove metodologije podatkovnega rudarjenja kompleksnih podatkovnih nizov in pridobili znanje, kako iz njih pridobiti biološko pomembne informacije.

Obveznosti

Seminar
Ustni zagovor seminarske naloge

Preverjanje znanja

Seminar (50%)
Ustni zagovor seminarske naloge (50%)

Literatura in reference

Več

Literatura

1) Saito K, Dixon RA, Willmitzer L. 2006 Plant Metabolomics: 57 (Biotechnology in Agriculture and Forestry) Kindle Edition, Springer, 347 p
2) Villas-Bôas SG, Roessner U., Hansen MAE, Smedsgaard J, Nielsen J (2007) Metabolome Analysis: An Introduction, John Wiley & Sons, Inc., 311 p.
3) Weckwerth, W. 2007 Metabolomics: Methods in Molecular Biology 2007, Humana press, 293 p.
4) Robert D. Hall. 2011. Annual Plant Reviews, Volume 43, Biology of Plant Metabolomics, 420 p.
5) Pregledni članki iz revije Metabolomics

Reference

Beckner Whitener, M.E., Stanstrup, J., Panzeri, V., Carlin, S., Divol, B., Du Toit, M., Vrhovsek, U.
Untangling the wine metabolome by combining untargeted SPME–GCxGC-TOF-MS and sensory analysis to profile Sauvignon blanc co-fermented with seven different yeasts
(2016) Metabolomics, 12 (3), art. no. 53, pp. 1-25.

Fontana, A., Copetti, M., Di Gangi, I.M., Mazza, T., Tavano, F., Gioffreda, D., Mattivi, F., Andriulli, A., Vrhovsek, U., Pazienza, V. Development of a metabolites risk score for one-year mortality risk prediction in pancreatic adenocarcinoma patients (2016) Oncotarget, 7 (8), pp. 8968-8978.

Gasperotti, M., Masuero, D., Guella, G., Mattivi, F., Vrhovsek, U. Development of a targeted method for twenty-three metabolites related to polyphenol gut microbial metabolism in biological samples, using SPE and UHPLC-ESI-MS/MS (2014) Talanta, 128, pp. 221-230.

Vrhovsek, U., Lotti, C., Masuero, D., Carlin, S., Weingart, G., Mattivi, F. Quantitative metabolic profiling of grape, apple and raspberry volatile compounds (VOCs) using a GC/MS/MS method
(2014) Journal of Chromatography B: Analytical Technologies in the Biomedical and Life Sciences, 966, pp. 132-139.

Gika, H.G., Theodoridis, G.A., Vrhovsek, U., Mattivi, F. Quantitative profiling of polar primary metabolites using hydrophilic interaction ultrahigh performance liquid chromatography-tandem mass spectrometry (2012) Journal of Chromatography A, 1259, pp. 121-127.

Vrhovsek, U., Masuero, D., Gasperotti, M., Franceschi, P., Caputi, L., Viola, R., Mattivi, F.
A versatile targeted metabolomics method for the rapid quantification of multiple classes of phenolics in fruits and beverages (2012) Journal of Agricultural and Food Chemistry, 60 (36), pp. 8831-8840.

Theodoridis, G., Gika, H., Franceschi, P., Caputi, L., Arapitsas, P., Scholz, M., Masuero, D., Wehrens, R., Vrhovsek, U., Mattivi, F.
LC-MS based global metabolite profiling of grapes: Solvent extraction protocol optimisation
(2012) Metabolomics, 8 (2), pp. 175-185.
Skrij